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  中国感染控制杂志  2023, Vol. 22 Issue (10): 1218-1223   DOI: 10.12138/j.issn.1671-9638.20234556
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基金项目

武汉市卫生健康科研基金资助(WG20D15)

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刘小丽, 龚林, 王一梅, 等. 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐消毒剂基因检测及同源性分析[J]. 中国感染控制杂志, 2023, 22(10): 1218-1223. DOI: 10.12138/j.issn.1671-9638.20234556.
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LIU Xiao-li, GONG Lin, WANG Yi-mei, et al. Detection and homology analysis of disinfectant resistance genes in carba-penem-resistant Klebsiella pneumoniae[J]. Chin J Infect Control, 2023, 22(10): 1218-1223. DOI: 10.12138/j.issn.1671-9638.20234556.
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作者简介

刘小丽(1981-), 女(汉族), 河南省邓州市人, 副主任医师, 主要从事消毒与医院感染控制研究

通信作者

李长风  E-mail: tianwangsky@sina.com

文章历史

收稿日期:2023-06-01
耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐消毒剂基因检测及同源性分析
刘小丽1,3 , 龚林1,3 , 王一梅1,3 , 李美玲1,3 , 李长风2     
1. 武汉市疾病预防控制中心消毒与病媒生物防制所, 湖北 武汉 430024;
2. 武汉市疾病预防控制中心纪检监察室, 湖北 武汉 430024;
3. 武汉市医院感染管理质量控制中心, 湖北 武汉 430024
摘要目的 探讨武汉地区临床分离的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)中耐消毒剂基因的携带状况及耐消毒剂基因携带菌株的同源性, 为有效预防和控制CRKP传播提供理论依据。方法 收集2018—2019年武汉市3所三级医院临床住院患者分离的非重复性CRKP菌株, 采用最低抑菌浓度测定方法对药敏结果进行复核, 采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)检测耐消毒剂基因qacEΔ1、cepA, 采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对同时携带qacEΔ1和cepA基因的CRKP菌株进行同源性分析。结果 共收集62株CRKP, 77.42%来源于重症监护病房(ICU), 40.32%来自痰标本。所有CRKP均为多重耐药菌, 对厄他培南、阿莫西林/克拉维酸、头孢唑林、头孢他啶、头孢曲松5种抗生素的耐药率均为100%, 对临床其他常见抗菌药物也呈现高度耐药。耐消毒剂基因检出率为95.16%(59/62), 其中qacEΔ1、cepA基因检出率分别为64.52%(40/62)、91.94%(57/62), 38株(61.29%)同时检出qacEΔ1和cepA。PFGE结果显示, 38株CRKP可分为A~K共11个型别, 以E型为主, 占42.11%(16株)。结论 武汉地区CRKP菌株耐药形势严峻, 广泛携带耐消毒剂基因, 存在不同医院、不同科室间的克隆传播, 应加强流行病学监控, 合理使用消毒剂。
关键词耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌    耐消毒剂基因    同源性    
Detection and homology analysis of disinfectant resistance genes in carba-penem-resistant Klebsiella pneumoniae
LIU Xiao-li1,3 , GONG Lin1,3 , WANG Yi-mei1,3 , LI Mei-ling1,3 , LI Chang-feng2     
1. Department of Disinfection and Pest Control, Wuhan Center for Disease Control and Prevention, Wuhan 430024, China;
2. Discipline Inspection Division, Wuhan Center for Disease Control and Prevention, Wuhan 430024, China;
3. Wuhan Center for Healthcare-associated Infection Ma-nagement Quality Control, Wuhan 430024, China
Abstract: Objective To investigate the carrying status of disinfectant resistance genes in clinically isolated carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae (CRKP) and the homology of strains that carried disinfectant resistance genes in Wuhan City, and provide theoretical basis for the effective prevention and control of CRKP transmission. Methods Non-repetitive CRKP strains isolated from hospitalized patients in three tertiary hospitals in Wuhan City from 2018 to 2019 were collected. Antimicrobial susceptibility were tested by minimum inhibitory concentration (MIC). Disinfectant resistance gene qacEΔ1 and cepA were detected by real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). Homology of CRKP strains carrying both qacEΔ1 and cepA genes was analyzed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Results A total of 62 CRKP strains were collected, 77.42% were from intensive care unit (ICU), 40.32% were isolated from sputum specimens. All CRKP strains were multidrug-resistant, with resistance rates to ertapenem, amoxicillin/clavulanic acid, cefazolin, ceftazidime, and ceftriaxone being 100% and high resis-tance to other frequently used antimicrobial agents. The detection rate of disinfectant resistance genes was 95.16% (59/62), among which qacEΔ1 and cepA genes were 64.52% (40/62) and 91.94% (57/62), respectively, with 38 strains (61.29%) detected both qacEΔ1 and cepA genes. PFGE results showed that 38 CRKP strains can be divided into 11 types (from A to K), with type E being the major type, accounting for 42.11% (n=16). Conclusion Antimicrobial resistance of CRKP strains in Wuhan is severe. Strains carry disinfectant resistance genes widely. There is clonal transmission among different hospitals and departments. Epidemiological monitoring should be streng-thened, and disinfectant should be used rationally.
Key words: carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae    disinfectant resistance gene    homology    

近年来,随着碳青霉烯抗生素的广泛应用,耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae, CRKP)呈现出全球蔓延趋势,已成为国内外共同面临的严峻挑战[1]。2013年美国疾病控制与预防中心(CDC)将耐碳青霉烯酶类肠杆菌目细菌列为最高级别“紧迫威胁”。全国细菌耐药监测网(China Antimicrobial Resistance Surveillance System, CARSS)报告[2]结果显示,我国CRKP检出率由2014年的6.4%上升至2019年的10.9%,湖北省从4.4%上升至12.4%,上升速度较快。研究[3-5]表明,碳青霉烯酶敏感肺炎克雷伯菌感染致死率为20%~30%,而CRKP感染致死率为40%~70%,其直接后果是影响抗菌药物治疗效果,缩短新药应用与研发周期,延长患者治疗周期和增加患者治疗成本。消毒是切断传播途径,阻断CRKP传播的重要措施之一,随着各种消毒剂的广泛使用甚至滥用,菌株选择压力加大,细菌对消毒剂的耐药现象逐渐显现,目前常采用耐消毒剂基因检出率判断细菌对消毒剂的耐受性。消毒剂抗性增加与耐消毒剂基因相关。qacEΔ1编码的外排系统广泛存在于革兰阴性菌中,检出率与菌株对消毒剂敏感性下降呈现相关性[6]。肺炎克雷伯菌中cepA外排泵与对氯己定的敏感性降低有关[7],随着氯己定最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration, MIC)的增加,肺炎克雷伯菌cepA的表达也增加[8],且CRKP中携带耐消毒剂基因种类存在较大的地区差异性[7, 9-10]。武汉地区缺乏相关的系统研究,为了解本地区不同医院CRKP中耐药消毒剂基因携带情况及同源性,为预防和控制其克隆传播提供理论依据。本项目采用多中心研究,收集武汉地区3所医院从临床住院患者分离的CRKP菌株,采用MIC测定法进行药敏试验,采用实时荧光定量聚合酶链反应(Real-time PCR, RT-PCR)检测耐消毒剂的qacEΔ1和cepA基因携带情况,采用脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)对同时携带qacEΔ1和cepA基因的CRKP菌株进行同源性分析。现将结果报告如下。

1 材料与方法 1.1 菌株来源

收集2018—2019年来自湖北省妇幼保健院(代码Ⅰ)、武汉市第一医院(代码Ⅱ)和黄陂区人民医院(代码Ⅲ)3所三级医院从临床住院患者分离的62株非重复性CRKP。菌株入选标准: (1)为CRKP,即肺炎克雷伯菌对亚胺培南、美罗培南或厄他培南其中的任何一种耐药(亚胺培南或美罗培南MIC≥4 μg/mL,厄他培南MIC≥2 μg/mL);(2)少数患者住院期间多次培养出CRKP,则纳入该患者首次培养的CRKP。3所医院按照要求保存符合纳入标准的CRKP菌株,由研究者单位每两个月收集一次,集中保存于-80℃医用冰箱中。质控菌株为大肠埃希菌ATCC 25922,沙门氏菌H9812,购于中国普通微生物菌种保藏管理中心。本研究通过武汉市疾病预防控制中心伦理委员会批准(WHCDCIRB-K-2021038)。

1.2 主要仪器与试剂

全自动细菌鉴定及药敏分析系统(法国生物梅里埃公司,VITEK 2 Compact)、荧光定量PCR仪(瑞士罗氏公司,LightCycler 480)、脉冲场凝胶电泳仪(美国Bio-Rad公司,CHEF Mapper XA)、凝胶成像系统(美国UVP公司,ESSENTIAL V6)、细菌DNA提取试剂盒(北京康为世纪公司)、PCR反应试剂盒(日本Takara公司)、PCR引物(上海生工生物工程股份有限公司)。

1.3 菌株复核与药敏试验

采用全自动细菌鉴定及药敏分析系统对CRKP菌株进行复核鉴定及药敏试验,检测18种抗菌药物的MIC,包括亚胺培南、美罗培南、厄他培南、氨苄西林、哌拉西林、阿莫西林/克拉维酸、头孢唑林、头孢他啶、头孢曲松、头孢吡肟、氨曲南、阿米卡星、庆大霉素、左氧氟沙星、环丙沙星、呋喃妥因、复方磺胺甲唑和四环素。药敏试验质控菌株为大肠埃希菌ATCC 25922,药敏试验结果判定依据美国临床实验室标准化协会(Clinical and Laboratory Standard Institute, CLSI)2018年版标准进行。

1.4 耐消毒剂基因检测

采用RT-PCR扩增CRKP中耐消毒剂的qacEΔ1、cepA基因,根据GenBank数据库(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)中基因序列(qacEΔ1:DQ489717.1,cepA: AB073019.1),利用Primer Premier 5软件合理设计qacEΔ1、cepA基因引物,见表 1。参照细菌DNA提取试剂盒说明书提取DNA,设定PCR反应条件,PCR反应体系共20 μL,包括PCR反应试剂mix 10 μL,上、下游引物各0.8 μL,探针0.4 μL,DNA模板1 μL,加双蒸H2O补足体积。扩增条件为94℃,10 min;95℃ 10 s,58℃ 30 s,72℃ 1 s,40个循环。通过荧光扩增曲线观察结果。

表 1 耐消毒剂基因的RT-PCR引物序列 Table 1 Real-time PCR primers for disinfectant resistance genes
1.5 同源性分析

采用PFGE对同时携带qacEΔ1和cepA耐消毒剂基因的CRKP菌株进行同源性分析。参考中国疾病预防控制中心Pulse Net提供的PFGE相关标准化操作程序,调整相关电泳参数。试验方法:菌株包埋入胶块后,经裂解和清洗,使用限制性内切酶XbaI进行酶切,酶切后的胶块置入0.5×TBE缓冲液和1%凝胶中电泳。电泳参数为电压6 V/cm,夹角120度,温度14℃,初始脉冲为6 s,最终脉冲为36 s,电泳时间18.5 h。电泳结束后,在凝胶成像仪上读取图像。

1.6 数据分析

应用WHONET 5.6和SPSS 25.0软件进行数据分析。采用BioNumerics 7.6软件对PFGE条带进行聚类分析,用非加权配对算术平均法(unweighted pair group average method, UPGAM)和Dice系数分析菌株间的同源性,将具有80%以上相同条带的菌株归入同一型别[11]

2 结果 2.1 基本情况

62株CRKP来源于3所医院13个不同的临床科室,主要分布在重症监护病房(ICU),占77.42%,其中综合ICU、儿科ICU(PICU)、神经内科ICU(NICU)分别占43.55%、22.58%、11.29%。按照年龄分组,老年人(≥65岁)组占比最高,为48.39%,其次为儿童(<14岁)组和成人(14~65岁)组,分别占30.64%、20.97%。62株CRKP主要来源于痰(占40.32%),其次为尿标本(占16.13%)。见表 2

表 2 62株CRKP来源情况 Table 2 Sources of 62 CRKP strains
2.2 药敏试验结果

62株CRKP均为多重耐药菌,对阿莫西林/克拉维酸、头孢唑林、头孢他啶、头孢曲松和厄他培南5种抗生素的耐药率均为100%,对四环素的耐药率最低(为35.48%),对临床其他常见抗菌药物也呈现高度耐药,耐药率为59.68%~98.39%。见表 3

表 3 62株CRKP药敏试验结果 Table 3 Antimicrobial susceptibility testing results of 62 CRKP strains
2.3 耐消毒剂基因检出情况

62株CRKP,59株(95.16%)检出耐消毒剂基因,其中40株(64.52%)qacEΔ1基因阳性,57株(91.94%)cepA基因阳性,38株(61.29%)同时检出qacEΔ1和cepA基因。

2.4 同源性分析

PFGE结果显示,38株同时检出qacEΔ1和cepA的CRKP可分为A~K共11个型别。其中5个型别包含菌株数>1株,以E型为主,占42.11%(16株),分布在2所医院的5个科室;C型占15.79%(6株),分布在1所医院的3个科室;I型占10.53%(4株),分布于同一医院的同一科室;H型和K型,均占7.89%(各3株),分布于同一医院的不同科室。见图 1

图 1 38株CRKP菌株PFGE分型结果 Figure 1 PFGE typing result of 38 CRKP strains
3 讨论

本研究收集来自武汉地区3所三级医院临床住院患者分离的62株CRKP,首次分析本地区CRKP耐消毒剂基因的携带情况及耐消毒剂基因阳性菌株的同源性,是对国内CRKP菌株多中心分子流行病学研究的有力补充。该研究收集的CRKP,主要来源于ICU,包括综合ICU和专科ICU,占77.42%,可能与ICU患者大多数免疫力低下、基础性疾病较多、住院时间长、插管或机械通气等侵入性操作较多有关。应重点加强ICU抗菌药物应用的管理及医院感染防控工作。62株CRKP,40.32%来源于痰标本,可能与人体的呼吸道与外界相通,自身免疫屏障作用较弱,再加上空气污染等因素相关,病原体更容易入侵定植,从而引起呼吸系统感染,提示临床医生应重点加强患者的气道管理。

本研究显示,所有CRKP均为多重耐药菌,对厄他培南的耐药率达100%,对美罗培南、亚胺培南的耐药率分别为96.77%、98.39%,对青霉素类、β-内酰胺类/β-内酰胺抑制剂复合物、头孢菌素类、单环内酰胺类和喹诺酮类等多种抗菌药物表现出高水平耐药,仅对四环素的耐药率低于40%,说明武汉地区CRKP耐药形势十分严峻,与北京[12]、广东[13]、江西[14]等地情况一致,应加强细菌耐药监测,在抗菌药物使用前进行病原学送检及药敏试验,为临床合理用药提供参考。

目前研究显示,肺炎克雷伯菌对各种消毒剂的耐受程度存在差异。李祥等[15]研究报道,部分CRKP已对“84”消毒剂产生了轻度的抗性,耐消毒剂基因qacEΔ1-sul1与“84”消毒剂的抗性之间存在一定的相关性。qacEΔ1基因广泛存在于革兰阴性菌中,由整合子介导,与消毒剂的低水平耐药有关。Abuzaid等[8]研究报道,87.5%的肺炎克雷伯菌分离株携带cepA基因;Chen等[16]研究报道2016—2018年一所国内三级医院的36株CRKP,qacEΔ1阳性率为41.7%,cepA阳性率为80.6%;雷新云等[17]报道,肺炎克雷伯菌中qacEΔ1检出率为62.50%。而在伊朗的一项研究[10]报道,肺炎克雷伯菌中qacEΔ1和cepA基因检出率仅分别为30.6%、22.4%。本研究显示61.29%的CRKP同时携带qacEΔ1和cepA基因,其中qacEΔ1和cepA基因检出率分别为64.52%、91.94%,cepA基因检出率远高于qacEΔ1,提示qacEΔ1和cepA基因在医疗机构分离的CRKP中广泛存在,且携带cepA基因情况比携带qacEΔ1更为普遍。以上结果说明武汉地区CRKP菌株广泛携带qacEΔ1和cepA耐消毒剂基因,因此,应加强本地区耐消毒剂基因的监测,建立消毒剂耐药性监测网,定期监测和报告耐药情况,以期指导医疗机构科学选择消毒剂。

根据《医院感染暴发控制指南》(WS/T 524—2016)[18]规定,医院感染暴发是指在医疗机构或其科室的患者中,短时间内发生3例以上同种同源感染病例的现象。在实际工作中,由于大多数医疗机构缺乏分子生物学监测技术手段,很难确认“同种同源”,可能导致出现耐药菌株的流行或暴发。PFGE分型技术是分子分型中最常采用的方法,具有分辨力高、重复性好的特点,被认为是暴发感染溯源中分型的“金标准”[11]。本研究采用PFGE对38株同时携带qacEΔ1和cepA基因的CRKP进行同源性分析,结果显示,38株CRKP可分为A~K共11个型,以E型为主(42.11%),主要分布于2所医院的5个科室,一所医院的ICU和康复科,另一所医院的ICU、NICU和急诊科,表明CRKP菌株存在跨医院水平克隆传播的可能。另外,C型、H型、K型主要分布在同一所医院的几个科室,提示CRKP菌株在3所医院均存在不同科室间的克隆传播。I型分布在一所医院的同一科室,进一步分析发现,此4例患者于2018年11月5—22日在PICU住院,1例患者因重症肺炎于11月5日最早入住PICU,其余3例患者因脓毒症、惊厥等疾病,分别于11月10日、15日、22日陆续入住该科室,结果提示CRKP存在同一科室内不同患者间的克隆传播,说明该院PICU可能存在CRKP医院感染暴发。当医疗机构内出现CRKP菌株后,如果缺乏及时有效的消毒措施,易于发生CRKP感染暴发流行。因此,当医疗机构出现感染性病例,尤其是疑似医院感染暴发时,应提高警惕,及时收集菌株,采用PFGE等分子流行病学方法快速查明感染源,有助于从切断感染途径方面入手,控制多重耐药菌的传播[19]

综上所述,武汉地区CRKP耐药形势严峻,广泛携带耐消毒剂基因,存在不同医院、不同科室间的克隆传播,应采取有效的消毒隔离措施,科学使用消毒剂,切断传播途径,从而有效控制医院感染的发生。

利益冲突:所有作者均声明不存在利益冲突。

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